選択されたミラーサイト毎に、setup.exe は setup.bz2 という小さなテキストファイルをダウンロードします。 このファイルには各ミラーサイトから取得可能なパッケージのリストに加えて、 setup.exe が解釈して選択ウィンドウに表示するために利用する、 パッケージ単位の基本的な情報が含まれています。このファイルの形式に関する詳細については、 setup.exe のホームページ を参照して下さい。

選択ウィンドウは setup.exe の中でも最も込み入った部分です。 パッケージ群はカテゴリでグループ化されており、更に一つのパッケージは複数のカテゴリ (ボランティアのパッケージ開発者によって割り当てられています)に所属していることがあります。 個々のパッケージは、階層化された選択ウィンドウ内にあるこれらのカテゴリ内に置かれています。 デフォルトでは setup.exe は Base カテゴリ内のパッケージ、及びそれらのパッケージが依存しているパッケージのみをインストールするので、結果として最小の Cygwin インストレーションが出来上がります。しかし、これには gcc(Devel カテゴリの中にあります)のように、一般的に使われる数多くのツールは含まれていません。 setup.exe は自動的に依存関係にあるパッケージを選択しますので、要求されるパッケージを選択対象から外さないように注意して下さい。 特に、Base カテゴリに含まれているものは全て必要です。

setup.exe の表示方法は変更することが可能です。 インストールしたいパッケージの名前は知っているが、 そのパッケージがどのカテゴリに所属しているか分からない場合などに役立つでしょう。 View ボタンをクリックすると、Category(デフォルト)、 Full(全てのパッケージ)、そして Partial(アップグレード対象のパッケージのみ)が切り替えられます。 もし UNIX に慣れ親しんでいるのであれば、おそらくはお気に入りのツールを探すために 少なくとも Full の表示を一目見たくなることでしょう。

既に一度でも Cygwin をインストールしたことがあれば、 setup.exe の選択ウィンドウを現在の Cygwin 環境の管理にも利用することが出来ます。 インストールされたパッケージの情報は Cygwin 環境中の /etc/setup/ に保持されています。 setup.exe がこのディレクトリを探し出すことが出来なければ、 setup.exe は Cygwin 環境がインストールされていないものとして動作します。 インストールされているパッケージよりも新しいバージョンのパッケージが利用可能である場合、 setup.exe は自動的にパッケージをアップグレード対象とします。 既存のパッケージのアンインストール、再インストール、或いはソースの取得を行うには、 Keep をクリックして Uninstall、Reinstall 或いは Source へとトグルさせます。 また、アップグレード後の再起動を避けるためには、setup.exe を利用してアップグレードパッケージをインストールする前に、全ての Cygwin アプリケーションのウィンドウを閉じ、全ての Cygwin プロセスを終了させておきます。

setup.exe 選択ウィンドウの最後の機能は、Previous 及び Experimental パッケージに対するものです。 デフォルトでは選択ウィンドウには各パッケージの現在のバージョンのみが表示されますが、 ミラーサイトは以前のバージョンを少なくとも一つは保持していますし、時としてテストバージョン或いはベータバージョンのパッケージが利用可能となっていることもあります。 これらのパッケージを参照するには、Prev 又は Exp ラジオボタンをクリックして下さい。 しかしながら注意して下さい。次回 setup.exe を実行した際、setup.exe は古いバージョン、或いは実験(experimental)バージョンを現在の安定版で置き換えようとするでしょう。